Anim. Res. 55 (2006) 335-342
DOI: 10.1051/animres:2006015

Comparative genetic analysis between red-legged partridges (Alectoris rufa) and chukar partridges (A. chukar): identification of single-nucleotide polymorphisms

Cristina Belén García and María Victoria Arruga

Laboratory of Cytogenetics and Molecular Genetics, Faculty of Veterinary, University of Zaragoza, Miguel Servet 177, 50013 Zaragoza, Spain

(Received 1 March 2005 - Accepted 13 February 2006; published online 20 July 2006)

Abstract - Populations of red-legged partridges have been decreasing due to many factors such as the deterioration of their natural habitat or increasing hunting pressure and according to laws only pure red-legged partridges can be used to repopulate wherever necessary. Little information is available about the DNA sequence of the red-legged partridge. For this reason, it was necessary to carry out a comparative analysis with other avian species that have been studied in more detail, such as the chicken. Searching of single nucleotide polymorphisms (SNP) was used to analyse various genes in these species with respect to the red-legged partridge and chukar partridge in order to characterise and differentiate between these two species. The genes analysed were the growth hormone, 37LRP/p40 and MC1R genes. Many SNP were found between the chicken and partridges but translations of exonic regions were only different for the MC1R gene. Two interspecific SNP in partridges were found which can be used to differentiate between these two species in order to identify Alectoris chukar individuals and to avoid repopulating with them.

Résumé - Analyse génétique comparative entre les perdrix rouges (Alectoris rufa) et les perdrix choukar (A. chukar) : identification des polymorphismes de nucléotides simples. La population des perdrix rouges a fortement diminué ces dernières décennies en raison de nombreux facteurs, parmi lesquels : la détérioration de l'habitat naturel et une pression croissante de chasse. Selon la loi, la repopulation doit se faire, quand cela est nécessaire, avec des perdrix rouges de race pure. Peu d'informations sont disponibles au sujet de la séquence de l'ADN des perdrix rouges. Pour cette raison, une analyse comparative avec d'autres espèces d'oiseaux, qui ont été étudiées plus en détails, comme le poulet, s'est révélée nécessaire. La recherche de polymorphismes de nucléotides simples (SNP) a été utilisée pour analyser divers gènes de l'espèce Gallus gallus et les comparer à ceux de la perdrix rouge et de la bartavelle afin de caractériser et différencier ces deux espèces. Les gènes analysés ont été le gène de l'hormone de croissance, le gène 37LRP/p40 et le gène MC1R. De nombreux SNP communs ont été mis en évidence entre l'espèce Gallus gallus et les perdrix, mais seules les traductions des exons ont été différentes pour le gène MC1R. Deux SNP spécifiques chez les perdrix ont été identifiés. Ils pourraient être utilisés pour différencier les deux espèces afin d'identifier les individus Alectoris choukar et éviter ainsi la repopulation avec cette espèce.

Key words: SNP / red-legged partridge / growth hormone gene / 37LRP/p40 gene / MC1R gene

Mots clés : SNP / perdrix rouge / gène de l'hormone de croissance / gène 37LRP / p40 / gène MC1R

Corresponding author: mvarruga@unizar.es

© INRA, EDP Sciences 2006